অ্যানাল ফিস্টুলা সবচেয়ে বেশি পায়ূপথের চারপাশে ফোড়ার মাধ্যমে সৃষ্টি হয়। যেসব কারনে ক্ষুদ্রান্ত্র  প্রভাবিত হয় সেসব কারনেও এটি হতে পারে।

পায়ূ পথের ফোড়া (Anal abscess)ঃ

ফোড়া এমন একটি সমস্যা যার কারনে এতে পুজ জমা হয় এবং প্রচন্ড ব্যথা অনুভূত হয়। মলদ্বারের কোন ছোট গ্রন্থি ব্যাকটেরিয়ায় আক্রান্ত হয়ে সাধারণত অ্যানাল ফিস্টুলা সৃষ্টি করে, এর কারণ সঠিকভাবে জানা যায়নি। যাদের রোগপ্রতিরোধ ক্ষমতা কম (Immune deficiencies) বা এইডস রয়েছে তাদের এটি হতে পারে।

পায়ূ পথের ফোড়া সাধারণত অ্যান্টিবায়োটিকের কোর্স দিয়ে (ব্যাকটেরিয়া দ্বারা সৃষ্ট ইনফেকশনের চিকি্ৎসার জন্য যে ঔষধ ব্যবহৃত হয়) চিকিৎসা করা হয়। অধিকাংশ ক্ষেত্রে, ফোড়ার জীবাণু দ্বারা পরিপূর্ণ তরল ফোড়া থেকে নিঃসরণের প্রয়োজন হবে।

চিকিৎসার আগে এটি ফেটে গেলে অথবা ফোড়া সম্পূর্ণ সুস্থ না হলে অ্যানাল ফিস্টুলা সৃষ্টি হতে পারে।

পায়ূ পথে ফোড়া হয়েছে এমন মানুষের প্রায় ৩০-৫০%-এর পরবর্তীতে অ্যানাল ফিস্টুলা/ভগন্দর হয়। প্রায় ৮০% অ্যানাল ফিস্টুলা মলদ্বারের ইনফেকশন থেকে হয়।

অন্ত্র প্রদাহ (Inflammation of the intestines)ঃ

অ্যানাল ফিস্টুলা/ভগন্দর নিম্নলিখিত জটিলতা তৈরী করতে পারে:

• Crohn's disease – এর ফলে পাচনতন্ত্রে আবরণের প্রদাহ বা জ্বালাপোড়া ঘটায় যা একটি দীর্ঘস্থায়ী অবস্থা
• Diverticulitis – বৃহদান্ত্রের (কোলন) পাশে ছোট থলির ইনফেকশন। ইনফ্লামেটরি বাওয়েল ডিজিজ (Inflammatory bowel disease) (IBD)-এর একটি প্রকার হলো Crohn's disease

 অন্যান্য কারণ (Other causes)ঃ

অ্যানাল ফিস্টুলা হওয়ার অন্যান্য কারণগুলো হতে পারেঃ

• মলাশয় বা পায়ুপথের ক্যান্সারঃ কোলনের শেষে একটি এলাকা যেখানে মল সংরক্ষিত হয়।
• যক্ষ্মাঃ এর কারনে প্রধানত ফুসফুসে ব্যাকটেরিয়ার ইনফেকশন ঘটে, কিন্তু পরবর্তীতে শরীরের বিভিন্ন অংশে ছড়িয়ে পড়তে পারে।
• এইচআইভি ও এইডসঃ এমন একটি ভাইরাস যা শরীরের ইমিউন সিস্টেমকে (রোগ এবং ইনফেকশনের বিরুদ্ধে প্রতিরক্ষাকারী) আক্রমণ করে।
• ক্ল্যামিডিয়া (Chlamydia)ঃ যৌন মিলনের মাধ্যমে ছড়ানো ইনফেকশন যা কোন উপসর্গ দেখায় না।
• সিফিলিস - ব্যাকটেরিয়ার ইনফেকশন যা ড্রাগ, রক্ত বা যৌন সম্পর্কের মাধ্যমে ছড়ায়।

অ্যানাল ফিস্টুলা-এর আরও কিছু কারন হলোঃ

•  আলসার (বেদনাদায়ক কালশিটে)
• অপারেশনের জটিলতা।
• স্বাস্থ্য সমস্যা নিয়ে জন্ম গ্রহন।