কোনো রোগ, ইনফেকশন ঔষধ গ্রহণ বা খাদ্য গ্রহণের পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া হিসেবে মূত্রের অস্বাভাবিকতা দেখা দিতে পারে।

অস্বচ্ছ মূত্র মূত্রানালীর ইনফেকশনের একটি লক্ষণ। এই কারণে মূত্রে খারাপ গন্ধও হতে পারে। মূত্রে ব্যাকটেরিয়া, চর্বি, শ্বেতকণিকা, লোহিত কণিকা অথবা শ্লেষ্মা থাকলে এর রঙ সাদা হতে পারে।

গাঢ় বাদামী কিন্তু পরিষ্কার মূত্র অ্যাকিউট ভাইরাল হেপাটাইটিস (acute viral hepatitis) বা সিরোসিসের (cirrhosis) মতো লিভারের ব্যাধির কারণে হয়।  এই রোগের কারণে মূত্রে বিলিরুবিনের (bilirubin) উপস্থিতি অতিরিক্ত পরিমাণে বেড়ে যায়।

গোলাপী, লাল অথবা হালকা বাদামী রঙের মূত্র হয় নিম্নোক্ত কারণে:

• বিট, ব্ল্যাকবেরি এবং কিছু খাদ্যের রঙ।
• হেমোলাইটিক অ্যানিমিয়া (Hemolytic anemia)।
• মূত্রানালী অথবা কিডনিতে আঘাত।
• ঔষধ গ্রহণ।
• পোরফাইরিয়া।
• মূত্রনালীর সেই সব সমস্যা যেগুলির কারণে রক্তপাত হয়।

মূত্রের রঙ গাঢ় হলুদ বা বাদামী হয় নিম্নোক্ত কারণে:

• বি কমপ্লেক্স ভিটামিন এবং ক্যারোটিন।
• ফেনাজোপাইরিডাইন (phenazopyridine) [মূত্রনালী ইনফেকশনের চিকিৎসার ব্যবহৃত হয়], রিফামপিন (rifampin) এবং ওয়ারফারইনের (warfarin) মতো ঔষধ।
• ল্যাক্সেটিভের (মল নরমকারী ঔষধ) ব্যবহার।

মূত্রের রঙ সবুজ অথবা নীল হয় নিম্নোক্ত কারণে:

• খাদ্য ও ঔষধে ব্যবহৃত রঙ।
• বিলুরুবিন।
• মিথা্ইলিন ব্লু (methylene blue)-এর মতো ঔষধ।
• মূত্রনালীর ইনফেকশন।